The Sexy Fighting Girls

サンダーフォースとグラディウスのキャラクターについて、そして彼らが連続した物語に登場するのか、それとも共有ユニバースに登場するのか、というご質問だと理解しています。
内訳は以下のとおりです。
* サンダーフォースシリーズとソル・フィース（ロイ、キャロル、ライダー、ダイアナ、ジーン、シェリー、エリック、ミサオ）：テクノソフトが開発したサンダーフォースシリーズは、主要作品を通して一貫した物語を特徴としています。主人公はシリーズごとに若干変更される場合もありますが（例えば、ファイア・レオのパイロットが異なるなど）、物語は基本的に銀河連邦とORN帝国の戦いを中心に展開されます。ご指摘のキャラクター（ロイ、キャロル、ライダー、ダイアナ、ジーン、シェリー、エリック、ミサオ）は、サンダーフォースの世界観に登場するキャラクターであり、特定のゲーム、ストーリー、あるいは連邦軍におけるパイロットの役割と結びついていることが多いです。
 * グラディウスシリーズ（ジェームズ・バートン、デイビッド・バートン）：コナミが開発したグラディウスシリーズにも、独自の世界観とキャラクターが登場します。「バートン」という名前はグラディウスの世界観に登場します。ジェームズ・バートンはビックバイパーのパイロットによく見られる名前です。デイビッド・バートンもまた、グラディウスの神話に登場し、関連キャラクターやパイロットとして登場することがあります。このシリーズは、惑星グラディウスと、バクテリオン帝国との継続的な戦いを舞台としています。